好的益生菌产品必须能耐高温、耐酸等环境。益生菌多为厌氧菌，不耐酸、高温（不能高于40度）和碱性环境，对外界环境极为敏感，在加工、运输、存储过程中稳定性差易失活，丧失功能。另外，益生菌若要对人体产生有益作用，必须先通过胃环境才能达到肠道，但在胃酸和胆汁的作用下，大部分益生菌会死亡，最终使得体内没有足够的益生菌发挥作用，达不到保健和治疗的目的，所以很多益生菌产品要求在饭前服用（饭前胃酸相对较少，饭后胃酸会增多）。为确保益生菌能抵抗胃酸而顺利到达肠道定殖，世界各顶级研究机构进行了大量的研究后认为，将益生菌进行微胶囊包埋是目前最有效的一种方法。目前法国罗赛尔公司（于1998年加入法国拉曼集团，现作为拉曼集团药品和营养品部）在这方面的研制已走到了世界前列，申请了微胶囊国际专利，有效的解决了益生菌不耐酸的问题，很好的保障了益生菌在加工、运输、存储、服用过程中的活性。
好的益生菌产品还必须达到国际益生菌产品协会（IPA）的质量标准：（1）在产品失效时确保有最低数量的菌落形成单位（CFU）；（2）有储存指示；（3）有包装批号或产品代码；（4）对益生菌清楚地识别，其中包括菌株（优先列出）或者至少以外界普遍认可的术语列明属种，如果用商品名称来识别益生菌，那么实际的属种也应该包含在产品标签上；（5）生产厂家的所有联系信息，或者在产品标签空间有限的情况下，至少列明厂家的网址；（6）建议用量的说明（供动物使用的益生菌补充剂应该列明其所针对的动物种类）。另外，在选择益生菌是还要注意是否有国家食品药品监督管理局批准的保健食品批准文号和标志；产品名是否已在国家商标局注册（已注册有○R或TM标志）。
一些公司可能会声称其产品含有500亿个单位的益生菌，但其中到底有多少是活着和有效的呢？有些益生菌产品声称在生产时含有一定数量的CFU，但是，这与消费者使用该产品时的CFU数量并不一定具有关联性，因为有一些产品利用了非活性培养方法（比如加入低聚果糖又名双歧因子，它是益生菌的养料，它能让人体肠道内的双歧杆菌繁殖），但是缺乏临床支持，还有一些产品使用了死体培养。
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