农资电商的发展路上还存在着很多的问题与障碍有待扫除，并且短期可以解决。
农资电商真心不好玩
1、农民传统赊销习惯严重不符合电商模式
农资赊销一直是行业的“顽疾”问题，很多地方赊销更是成了一种习惯。而一手交钱一手交货是电商交易的方式，现阶段正在崛起的农资电商也不例外。如何让已经习惯了赊销的农户用现款去购买农资，赊销问题如何破冰，是决定农资电商能否成功的一个关键点。
2、农民网购习惯的养成面临烧钱战
农民网购消费习惯的养成，是一个漫长的过程，仅靠微利打价格战也并不足以赢得农民的“芳心”.而农资产品的主要目标用户是种植大户、零售终端、专业合作社、农垦基地，如何针对他们加大宣传力度、做好用户习惯培养，并形成可观的流量，这是农资电商必须解决的大问题。可以预见的是，这将是一个烧钱的浩大工程，资本将成为农资电商最终胜出的核心竞争力，尤其在百舸争流的当下。
3、电商化与传统渠道存在利益冲突
传统农资市场主要以线下为主，并且形成了一套完整的销售网络与价格体系，各个经销商与代理商直接沿袭着传统的代销分成模式，传统网点的存在是农资销售的重要渠道。一旦农资电商化，去除中间渠道，降低中间成本后，传统的销售网络将由此瘫痪，但是各个终端网点不仅仅承担着销售的职能，还有技术服务与售后服务的职能，同样十分重要。于是，农资电商化与传统渠道利益冲突之间矛盾必须得到解决，线上与线下必须实现有效互补。
4、农村物流配送体系落后增加电商化难度
中国是一个农业大国，大部分地区的农村仍处于不发达状态，交通状况也不够便利，类似四通一达和顺丰等快递公司根本就鞭长莫及，所以农资电商需要通过自建渠道解决，才能实现垂直流通渠道构建，这绝对又是一项烧钱的工程；另外，由于农资数量规模很大，在当地必须有仓库或者工作站，此时农村工作站的数量也是农资电商需要考虑的；最后，从市、县级工作站到村镇服务站一级的配送能力与送货速度也将是农资电商将要面临的巨大考验。
5、农资产品的技术服务与售后问题如何保障
农资产品不同于一般的生产资料，其使用有很强的技术要求，使用不当易造成经济损失。种植大户、专业合作社、农垦基地这样的客户虽然掌握了一定的植保专业知识，但是依然需要专业的技术支持，才能有效控制用药风险，所以一站式的服务与解决方案对这些客户更具吸引力。这方面来说，传统的销售网点有着天然的优势，农资电商化后的售后服务将是一个令人头疼的问题。