阿里巴巴先前被认为违反台湾当局“陆资来台投资规定”，遭投审会开罚12万元(新台币，下同)，并要求半年内撤资，而阿里巴巴则认为2008年按照当时正常程序设立，虽在5月11日缴纳12万元，但已提起诉愿，目前仍在台湾“行政院”诉愿会诉愿中。
阿里巴巴台湾分公司在2008年以新加坡商身份设立，先前遭台湾当局“经济部”投审会以股东结构申报不实为由开罚，并要求撤资。投审会5日表示，阿里巴巴已在5月中以陆资身份重新申请设立台湾分公司，将走正常陆资来台投资设立公司、分公司申请流程，预计最快2个月就能确定是否核准。
马云6月5日获颁台湾师范大学名誉教育学博士学位，他在接受访问时表示，会先以合理合法的方式成立台湾分公司，接着才会引进百亿资金。